Gründung 1082 durch Otakar II. Ab 1107 ein von Göttweig abhängiges Benediktinerpriorat, ab 1110/1111 selbstständige Abtei im Bistum Passau. Der erste Abt war Berthold von Garsten.
1677 baulich erneuert durch die Bauherrenfamilie Carlone. 1708-1726 Fortsetzung des Neubaus durch Jakob Prandtauer.
1787 Aufhebung des Klosters.
Seit 1851 Nutzung als Gefängnis (Justizanstalt Garsten).